Em 1987, durante os trabalhos de implantação do Parque, foi redescoberta a presença de uma pequena população remanescente de baleias-jubarte e sugeriu-se a importância de Abrolhos como principal “berçário” da espécie no Oceano Atlântico Sul Ocidental. Assim nascia o Projeto Baleia Jubarte, com a finalidade de promover a proteção e pesquisa destes mamíferos no Brasil. Caravelas passou, assim, de importante porto baleeiro no Brasil Colônia a sede da primeira base de um projeto de conservação de jubartes no país.

 

Em 1988 foram realizados os primeiros cruzeiros para fotografar as baleias-jubarte e as primeiras tentativas de estudar os animais a partir de uma estação em terra no arquipélago dos Abrolhos.